1.填料的選擇：即根據(jù)化合物的屬性選擇適合其分離的色譜模式及固定相（前一章關(guān)于化合物屬性中已講到）。

2.柱規(guī)格選擇：生物分析色譜柱規(guī)格的選擇要從內(nèi)徑和柱長(zhǎng)兩個(gè)指標(biāo)來考慮。

不同內(nèi)徑的色譜柱用途：2.1mm和3.0mm內(nèi)徑色譜柱一般用于超液相色譜分析UPLC（分析時(shí)間短，效率高）；4.6mm內(nèi)徑色譜柱一般用于常規(guī)液相色譜分析HPLC；10.0-300mm內(nèi)徑色譜柱一般用于制備色譜PreHPLC。

不同柱長(zhǎng)色譜柱優(yōu)勢(shì)：UPLC一般柱長(zhǎng)為50-100mm；常規(guī)HPLC和PreHPLC中，50-100mm柱長(zhǎng)適用于易分離樣品，且分析時(shí)間短。150-300mm柱長(zhǎng)適于難分離或分離度要求高的樣品，分析時(shí)間長(zhǎng)。柱長(zhǎng)越長(zhǎng)，其柱效越高，但由于裝柱技術(shù)限制，300mm以上長(zhǎng)度，柱效會(huì)相對(duì)更低，因此很少有大于300mm的柱長(zhǎng)。

微觀上，色譜柱填料的規(guī)格又包括粒徑，孔徑，比表面積，封尾程度。

粒徑：色譜柱所裝填料的顆粒直徑。下圖為10μm硅膠填料在顯微鏡下的圖片。

粒徑大小一般有1.7μm，2.7μm，3.5μm，5μm，10μm，15μm，20μm，20-40μm，40-60μm。其中1.7-3.5μm主要用于UPLC快速分析，5μm填料主要用于常規(guī)HPLC，10μm-20μm通常用于高壓制備色譜（PreHPLC），20-40μm和40-60μm為粒徑不均勻填料，用于中低壓制備色譜（MPLC）。

粒徑越小，柱壓越高，分離度及靈敏度也越高。

孔徑：填料顆粒的表面和內(nèi)部的孔的尺寸。100?，150?，200?，300?（更適合分離空間結(jié)構(gòu)較大的大分子化合物，如核苷酸，蛋白等）。

比表面積：?jiǎn)挝毁|(zhì)量填料顆粒表面和內(nèi)部孔的面積之和。比表面積越大，與樣品的接觸位點(diǎn)越多，載樣量越大，對(duì)樣品的保留越強(qiáng)，柱效越高。

封尾：將硅膠顆粒表面的裸露的硅羥基用小分子硅烷鍵合掉。

封尾降低了硅膠填料的活性，減少填料對(duì)堿性化合物形成氫鍵而造成的拖尾。同時(shí)封尾的色譜柱比不封尾的少了氫鍵作用的選擇性，因此對(duì)組分復(fù)雜樣品更適合選擇不封尾或一次封尾的色譜柱。